在您提到的情况中，存在一些潜在的法律问题和挑战。 首先，根据《中华人民共和国民法典》的规定，如果土地证和房产证是同一个人持有的话，那么土地证和房产证的持有人应当是一致的，因为它们共同构成了对该房地产的权利主体。因此，如果土地证持有者并不知道房屋拆迁部门已经与其父亲签订了拆迁补偿协议，这可能会导致纠纷。 其次，关于协议或合同是否可以正常生效的问题，需要考虑几个因素。首先，根据《中华人民共和国民法典》的规定，合法有效的民事行为必须具备四个基本要件。意思表示真实、不违反法律法规强制性规定、不得损害社会公共利益以及符合公序良俗原则。如果您认为拆迁协议或合同违反了这些基本原则，那么它可能无法被法院认定为有效。 最后，关于土地证持有人是否有权提出主张的问题，这个问题取决于具体的情况和法律规定。通常情况下，土地证持有人有权要求确认其对土地的所有权，并且在发生争议时，他们也有权利请求人民法院判决支持自己的主张。 综上所述，建议您及时咨询专业的法律顾问，以获取更详细的法律意见和解决方案。同时，为了避免未来的法律风险，建议双方尽快解决争端并达成共识，以便保护各方的利益。