根据相关法律规定，如果用人单位未经行政许可，擅自从事依法应当取得行政许可的活动的，依据《行政许可法》，行政机关应当采取措施予以制止，并给予行政处罚；构成犯罪的，依法追究刑事责任。因此用人单位实行特殊工时制只有经过劳动行政部门审批才合法。否则，用人单位将会受到相应的行政处罚甚至是承担刑事责任。