根据法律规定，如果父亲因交通肇事逃逸而失踪，且房屋属于共同财产，那么法院有权对房屋进行处理。但需要注意的是，在处理过程中需要考虑是否侵犯了您的合法权益。建议您尽快联系专业的法律顾问，了解具体情况，并采取相应的法律措施保护自己的权益。同时，也要注意收集证据，以便在必要时提起诉讼以维护自己的合法权益。