在大多数情况下，当员工离开工厂时，其工资不会受到扣除社会保险的影响。这是因为社会保险是强制性保险，雇主和雇员都必须为员工缴纳一定的费用。 然而，具体情况可能会有所不同。有些国家或地区可能有不同的法律规定或合同条款，要求企业在员工离职后仍需支付一定比例的工资作为补偿金。在这种情况下，企业可能需要根据当地的法律法规来决定是否应该扣除社会保险费用。 因此，建议您查阅当地的相关法律法规或与您的人力资源部门沟通以获取更准确的信息。