在中华人民共和国宪法和相关法律法规中，宅基地是农民集体所有的一种土地形式。宅基地使用权人有权在其宅基地上建造住宅和其他必要的生活设施，并对宅基地享有占有、使用、收益的权利。 在您提到的情况下，您的父亲通过与政府进行协商并获得了一定的土地交换协议，其中包含了一部分宅基地。根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，该部分宅基地应属于您父亲所拥有。 然而，如果政府认为这块宅基地现在被占用为其他用途（如修建地下化粪池和地面硬化），并且这部分土地在之前没有用于住宅建设，那么政府有权征用这块宅基地。但是，在这种情况下，政府必须提供合理的补偿，并且要确保这些补偿能够满足您父亲的基本生活需求。 因此，您应该关注当地政府是否提供了合理的补偿，并确保自己的权益得到保障。同时，如果您对政府的决定有疑问或不满，可以向当地人民政府或者相关部门反映情况，寻求进一步的帮助和支持。