重大疾病司法鉴定程序是： 一、委托： 1、司法鉴定机构接受司法机关、仲裁机构的司法鉴定委托。 2、在诉讼案件中，在当事人负有举证责任的情况下，司法鉴定机构也可以接受当事人的司法鉴定委托。当事人委托司法鉴定时一般通过律师事务所进行。 二、受理： 司法鉴定机构收到委托书后，应对委托人的委托事项进行审核，并作出如下决定： 1、对于符合受理条件的，能够即时决定受理的，司法鉴定机构应当与委托人签订《司法鉴定委托受理合同》; 2、不能即时决定受理的，应当向委托人出具《司法鉴定委托材料收领单》，在收领委托材料之日起7日内对是否受理作出决定; 3、对于不符合受理条件的，决定不予受理的，应当退回鉴定材料并向委托人说明明理由; 4、对于函件委托的，司法鉴定机构应当在收到函件之日起7日内作出是否受理的书面答复。 三、初次鉴定 司法鉴定机构接受委托后，由司法鉴定机构指定的司法鉴定人、或者由委托人申请并经司法鉴定机构同意的司法鉴定人完成委托事项。