您好！根据我国相关法律规定，夫妻双方可以协议离婚，并在子女抚养问题上达成一致意见。如果您和您的配偶已经就孩子的抚养权问题进行了协商并同意将孩子的一方户籍从一方转移到另一方，那么这个决定应当被视为有效且具有法律效力。 然而，在您提出的问题中，您提到的大宝患有重大疾病以及小宝一直由您照顾的情况可能会成为影响判决的关键因素。在这种情况下，法院可能会考虑您的照顾行为和对大宝的特殊需求，从而做出有利于您的判决。具体来说，法院会基于保护未成年人权益的原则，考虑父母的监护能力和能力等多方面因素进行裁决。 因此，建议您与您的配偶就孩子的抚养权问题进一步沟通，寻求共识。同时，了解有关抚养权的规定，以便更好地维护自己的合法权益。最后，如果有任何疑问或需要帮助，请及时向专业的法律顾问咨询。