旷工扣工资和自离是不冲突的，员工在公司工作了，公司就必须支付员工应得的劳动报酬，如果公司因为员工自离而拒不支付工资，员工可以向劳动部门提出仲裁，索要自己的劳动所得。 用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。