您好！根据我国法律规定，民间借贷利息最高不得超过年利率36%。如果借款人在逾期还款的情况下，已经扣除了本金的40%，则剩余的款项应视为实际支付的利息，超过了法定限额。建议您与借款人协商解决，要求其尽快偿还本金和超出法定限额的利息，并向人民法院提起诉讼，以维护自身权益。