应届毕业生三方协议如果不按时上交会影响毕业生报道证的取得，同时会影响干部身份的保留。只有按时上交三方协议，学校才能协助毕业生办理报到证，毕业生毕业带着报到证去档案寄放地报到，一年以后办理转正定级，保留干部身份。