没关系，照样可以办理离婚登记的，民政部关于贯彻执行《婚姻登记条例》若干问题的处理意见：申请办理离婚登记的当事人，有一本结婚证丢失的，婚姻登记机关可根据另一本结婚证办理离婚登记;当事人两本结婚证都丢失的，婚姻登记机关可根据结婚档案或者当事人提供的结婚登记记录证明等材料办理离婚登记，当事人应当对结婚证丢失情况作出书面说明，该说明书由婚姻登记机关存档。