合同纠纷，由法院负责管辖并裁决，法院会对民事纠纷案件存档。所以，民事纠纷案件，法院当然会有案件记录（案底）。但这里的案底只是法院的案件档案，不是行政处罚案底，也不是刑事犯罪案底。