我家房子24年了，当时盖房子的早，后来村长说房子盖几年了，给你们一张宅基地证吧，后来1993年县司法局乡司法所的公章，给补发了一张宅基地证明书。这个应该是有效的吧？不知道什么原因盖的是司法所的章却不是土地所的。后来宅基地纠纷，邻居来我家宅基地闹事（当时我家盖完房子还有一小块空地），时间久了，他说是他们的的，就来闹事，于是打了官司，就闹事一事（我奶奶当时被他们碰了一下，轻微伤），当时上面写有，我家提供了有效的宅基地证明，判我们赢了闹事的官司。后来又经村委会调解，双方宅基地界限明确，宅基地纠纷协议书双方签字按了手印，还有村长的签名指印，但村长是新人，当时没盖村委会的章，这份协议书算有效的吗？