男方起诉离婚后，法院会根据双方的实际情况和法律规定来处理离婚案件。对于孩子的抚养问题，法院通常会考虑孩子的年龄、双方父母的抚养能力、孩子的生活和教育需求等因素来决定抚养权的归属。 由于小儿子只有3个月大，通常情况下，法院会倾向于将婴儿的抚养权判给母亲，因为婴儿在成长初期需要母亲更多的照顾和哺乳。但这不是绝对的，如果父亲能够提供充分的证据证明他有更强的抚养能力和条件，法院也可能会考虑将抚养权判给父亲。 此外，如果双方能够达成协议，法院也会尊重双方的意愿。在离婚案件中，除了抚养权问题，还可能涉及到财产分割、债务处理等问题，建议双方尽量通过协商解决，以减少诉讼带来的时间和经济成本。如果协商不成，可以寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。