非法经营罪立案最低标准金额是两万元。 法律依据：2010年5月7日实施的最高人民检察院、公安部关于印发《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》的通知中，第七十九条中规定： 1.个人非法经营数额在五万元以上的，单位非法经营数额在十五万元以上的； 2.个人违法所得数额在二万元以上的，单位违法所得数额在五万元以上的； 3.个人非法经营报纸五千份或者期刊五千本或者图书二千册或者音像制品、电子出版物五百张（盒）以上 4.虽未达到上述数额标准，但具有下列情形之一的： （1）两年内因出版、印刷、复制、发行非法出版物受过行政处罚二次以上的，又出版、印刷、复制、发行非法出版物的； （2）因出版、印刷、复制、发行非法出版物造成恶劣社会影响或者其他严重后果的。 1.个人非法经营数额在十五万元以上的，单位非法经营数额在五十万元以上的； 2.个人违法所得数额在五万元以上的，单位违法所得数额在十五万元以上的； 3.个人非法经营报纸一万五千份或者期刊一万五千本或者图书五千册或者音像制品、电子出版物一千五百张（盒）以上的， 4.虽未达到上述数额标准。