您所描述的情况涉及所有权和土地使用权的问题。根据我国《民法典》等相关法律规定，集体土地的所有权属于国家或集体所有，任何个人或组织不得非法侵占或占有。因此，即使您的父亲在建造房屋前曾借用过叔叔的土地用于猪场建设，并且后来村里的集体土地使用证上注明了这一事实，但该行为并不改变土地所有权的归属。 如果您的房屋和土地已经被拆除并重建，那么您作为原业主可能无法直接要求恢复原来的状态。然而，在某些情况下，比如存在合同关系或者有其他合法权利支持的情况下，您可以寻求法律途径来维护自己的权益。 建议您首先与当地的自然资源部门沟通，了解是否还有相关的证据可以证明您的土地使用权，并考虑聘请专业的律师进行法律咨询和指导。同时，也可以尝试通过协商或诉讼等方式解决争议，以保护自己的合法权益。