自动离职有工资，不论以何种形式离职，只要劳动者为用人单位付出劳动后，就相应地有获得劳动报酬的权利。不过公司可因自动离职作适度的工资扣减，但这必须建立在合乎程序的规章制度度之下，比如规章制度经民主程序讨论经大部分职工认可，进行公示，员工入职有进行培训并签名确认等，或者劳动合同中有约定。