首先，根据我国宪法和相关法律法规的规定，居民委员会主任由本居住地区全体有选举权的居民或者选民直接选举产生。如果上一届社区副主任在第二届选举中未能获得足够的票数而成为当选者，那么她的当选属于不正当行为。 其次，即使该副主任已经担任了两年的社区书记，并且获得了政府的批准，她仍然无法同时兼任两个职务。根据相关规定，居委会成员不得领取任何报酬或待遇，因此，她必须放弃其中一个职位。 最后，对于政府部门的说法，他们应该遵循法律规定，即居民委员会成员不得领取任何报酬或待遇。如果他们的决定与法律规定相冲突，他们应该寻求上级机关或司法机构的指导和裁决。 综上所述，虽然这位副主任可能具有一定的行政经验，但她不应该同时兼任两个职务，否则将违反法律规定。如果政府部门坚持要求她履行这两个职务，她应该考虑寻求上级机关或司法机构的帮助来解决这个问题。