判决生效后，就民事部分达成调解法律是允许的，在协议书上面写明双方就《判决书的文号》的生效判决自愿达成如下协议：这样写就可以了。但是如果是有一方或者双方是涉及公众或者国家利益的而私下达成的协议会损害他们的利益或者会损害第三方的利益的则需要依照判决执行。