(一)案源缺乏 由于社会各界不了解检察机关民事行政公益诉讼的职责，而且该类案件涉及国家利益和社会公共利益，不涉及个人利益，该方面的举报也较少，导致目前民事行政公益诉讼案件线索基本上是检察人员在工作中发现的，案源较少。 (二)行政公益诉讼办案配合不畅 “检察机关在履行职责中发现行政机关违法行使职权或者不行使职权的行为，应该督促其纠正”，是党中央立足实际，对行政违法行为检察监督的重要制度安排。但由于法律对检察机关开展行政违法监督没有作出规定，实践中许多行政机关不理解，不愿接受监督，影响了案件的办理，在调查取证过程中出现有行政机关配合不顺畅的问题。 (三)公益诉讼案件取证难、固定证据难 在实践中，开展民事行政公益诉讼工作存在着取证难的问题。一是许多行政单位对检察机关的监督存在不理解情绪，不配合检察机关取证，影响了监督工作的正常开展。二是收集证据难。公益诉讼案件的办理需要侵害公益的事实、造成的后果以及侵害行为与造成后果的因果关系，这些证据真正收集起来比较难。三是对造成损害的鉴定和赔偿数额的确定比较难。一方面，由于损害鉴定和赔偿数额的确定专业性比较强，鉴定人员一般都是涉案机构同行业的人员，难以作出客观公允的鉴定意见;另一方面，也存在着鉴定程序复杂、周期长、鉴定成本高、鉴定费承担主体不明的问题，在很大程度上影响了案件的办理，导致公益诉讼案件成案率低。 (四)督促履行职责检察建议取得的实效低 在办理行政公益诉讼过程中发出的督促履行职责检察建议不少，虽然件件有回复，但真正落到实处的很少。 (五)公益诉讼判决执行难