1、办理施工许可证是甲方负责办理的，其中有一条就是民工工资保证金的凭证的事。所以是甲方办理。2、然后甲方再把这笔钱从施工总包单位身上扣下来。就变成是施工单位自己交的了啊。一般合同中会约定的。