首先，根据我国《民法典》的规定，合作开发的房产在拆迁补偿中应当按照各自的投资比例进行分配。因此，在此情况下，拆迁补偿款应当由甲乙双方平均分配。 其次，如果甲乙双方对拆迁补偿款存在争议，可以向法院提起诉讼，要求确认双方的份额，并请求分割拆迁补偿款。同时，也可以通过协商解决纠纷，以达成一致的解决方案。 最后，需要注意的是，拆迁补偿款的具体分配需要考虑多个因素，如房屋的价值、投资的比例等，具体数额可能因地区和情况而异。因此，在处理此类案件时，应尽可能地收集证据，以便更好地维护自己的权益。