根据法律规定，夫妻双方对子女的抚养权有争议时，法院会优先考虑有利于子女成长的原则。在您所描述的情况下，如果夫妻双方已经分居两年，并且没有争夺孩子的抚养权，那么法院可能会酌情考虑双方的情况，以保护孩子健康成长为首要原则。 同时，由于您提到孩子有两个，因此在任何情况下，为了保障孩子的权益和安全，建议尽快与相关部门沟通，了解相关法律程序和规定，以便更好地维护孩子的合法权益。此外，建议双方通过协商或调解的方式解决争端，避免进一步激化矛盾，影响家庭和谐和社会稳定。