妨害公务罪是指以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务的行为。如果被告人在实施妨害公务行为后取得了对方的谅解，那么在符合法定条件的情况下，检察院可能会考虑对被告人的犯罪情节进行评估，并作出是否提起公诉的决定。 至于是否会有逮捕令的问题，这取决于检察院的审查和判断结果。通常情况下，如果被告人在获得对方谅解后仍被认定为犯罪事实成立，检察院可能需要根据具体情况决定是否需要采取逮捕措施。因此，具体是否会下逮捕令需要由检察院根据案件的具体情况来决定。