公证协议不能代替房屋过户，建议到房管部门办理房产过户手续。首先，经过公证的房屋买卖协议具有一定的法律效力，双方的权利会得到法律保护的。其次，《物权法》规定了公民对不动产所享有的物权，是以登记为准，所以，已经公证的房屋买卖协议，从形式上来讲，双方已经完成了房产交易，但由于没有到房管部门办理更名登记，因此，从法律意义上来讲，买房人还没有完善法律程序，没有真正成为法律意义上的房屋所有权人。如果不及时办理房产过户，将存在一定的法律风险，比如：原房主到房管部门重新申请补办房产证并将该房对外进行抵押等。