安置房指标转让协议是否有效要根据具体情况来确定。如果该安置房的指标是属于可转让的,那么只要此协议是双方当事人基于平等自愿的前提下签订的,且不违反法律的强制性规定,不违背社会公序良俗,那么该协议就是有效的。但如果该安置房的指标是不可转让的,那么签订的安置房指标转让协议无效。