一、保密协议不能约定争议管辖机构。
从劳动合同角度看，其属于劳动争议纠纷，依据《劳动争议调解仲裁法》相关规定而不得约定管辖。
二、法律依据：
《劳动争议调解仲裁法》第十七条 劳动争议仲裁委员会按照统筹规划、合理布局和适应实际需要的原则设立。省、自治区人民政府可以决定在市、县设立；直辖市人民政府可以决定在区、县设立。直辖市、设区的市也可以设立一个或者若干个劳动争议仲裁委员会。劳动争议仲裁委员会不按行政区划层层设立。