一、有效的，但是赔偿协议如果存在重大误解、显失公平、以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方违背真实意思等情形，那么该赔偿协议属于可撤销的合同。
二、法律依据：
《合同法》第五十四条 可撤销合同
下列合同，当事人一方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销： （一）因重大误解订立的； （二）在订立合同时显失公平的。 一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销。 当事人请求变更的，人民法院或者仲裁机构不得撤销。