农村房产证办理的程序：1、申请宅基地使用权，首先村民在建筑房屋前应先向村集体组织申请宅基地使用权，取得国土部门颁发的集体土地使用权证书。然后向当地镇(街道)规划建设办申请房屋建设的报批手续，才能进行施工建设。房屋建成后村民应当向规划建设办申请房屋竣工验收，取得规划验收合格证明。2、向当地房管所提出申请，经过规划建设办批准建设及验收合格的房屋，村民需要办理房屋产权证的，应当向当地房管所提出申请，并提交土地使用证、报建验收证明、房屋面积测绘报告等资料。房管部门在受理农村村民要求办房产证的申请后。将会检查相关资料，并将申请登记的事项在村集体组织内进行公告。经公告无异议或有异议不成立的，将给予登记发证。　
法律依据：《房屋登记办法》
第八十三条规定：因合法建造房屋申请房屋所有权初始登记的，应当提交下列材料：(一)登记申请书；(二)申请人的身份证明；(三)使用权证明或者集体所有建设用地使用权证明；(四)申请登记房屋符合城乡规划的证明；(五)房屋测绘报告或者村民住房平面图；(六)其他必要材料。申请村民住房所有权初始登记的，还应当提交申请人属于房屋所在地农村集体经济组织成员的证明。农村集体经济组织申请房屋所有权初始登记的，还应当提交经村民会议同意或者由村民会议授权经村民代表会议同意的证明材料。
第八十四条规定：办理村民住房所有权初始登记、农村集体经济组织所有房屋所有权初始登记，房屋登记机构受理登记申请后，应当将申请登记事项在房屋所在地农村集体经济组织内进行公告。经公告无异议或者异议不成立的，方可予以登记。