小规模纳税人代开专用发票需要交附加税，在税务交了增值税，没有交附加税，就是季度申报时需要将没有交的附国税交了。季度销售额不超过30万元，免交增值税，不用交增值税附加税，但专用发票的附加税需要交。
《国家税务总局关于小规模纳税人免征增值税政策有关征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第4号）第十条规定，增值税小规模纳税人，已经自行开具增值税专用发票的，可以继续自行开具增值税专用发票，并就开具增值税专用发票的销售额计算缴纳增值税。