自离用人单位应当结清工资，但劳动者应当赔偿损失。赔偿损失与结清工资是不同法律关系，二者应当分别计算，合并结算。
自离，自动离职，即不告而别，属于违法解除合同，按照《劳动合同法》第九十条规定：对用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。用人单位要求劳动者赔偿损失的，应当承担举证责任。