凡设立和使用“小金库”的，原则上都要移送有关机关，追究相关责任人的党纪、政纪、组织责任。触犯刑律的，依法追究刑事责任。
(一)移送纪检监察机关。
凡设立和使用“小金库”的，原则上要按照《设立“小金库”和使用“小金库”款项违纪行为适用〈中国共产党纪律处分条例〉若干问题的解释》(中纪发〔2009〕20号)和即将下发的《设立“小金库”和使用“小金库”款项违纪行为政纪处分暂行规定》，移送相应的纪检监察部门，追究相关责任人的党纪政纪责任。特别是涉及公款私存、资金用途不明、私分、贪污、挪用、行贿受贿、公款旅游、挥霍浪费，以及报销应由个人负担费用的，必须移送。
需要追究组织责任的，由纪检监察机关协调组织部门处理。
(二)移送司法机关。
对于设立和使用“小金库”涉嫌犯罪的，可先移送纪检监察机关调查处理，再移送司法机关，也可直接移送司法机关处理，包括移送公安机关或检察机关。
以下案件移送检察机关：一是贪污贿赂犯罪。它包括刑法分则第八章规定的贪污贿赂犯罪及其他章中明确规定依照第八章节相关条文定罪处罚的犯罪案件，共12种；二是国家机关工作人员的渎职犯罪，即刑法分则第九章规定的渎职犯罪案件，共33种。
除上述以外的其他案件应向公安机关移送。
(三)移送财政部门。
审计检查组检查发现会计人员参与设立和使用“小金库”，情节严重需要吊销会计从业资格证书的，移送财政部门处理。
(四)移送相关职能部门。
对检查中发现的涉及其他问题，如预算、税收、金融、土地等，线索清晰但未能调查清楚或需要有关部门处理的，移送相关职能部门调查处理。