协议公证之后，当事人双方还是可以在协商一致的基础上对原来的协议进行变更、补充甚至取消，但是必须对该变更重新办理公证。
《中华人民共和国公证法》
第三十九条当事人、公证事项的利害关系人认为公证书有错误的，可以向出具该公证书的公证机构提出复查。公证书的内容违法或者与事实不符的，公证机构应当撤销该公证书并予以公告，该公证书自始无效；公证书有其他错误的，公证机构应当予以更正。
第四十条当事人、公证事项的利害关系人对公证书的内容有争议的，可以就该争议向人民法院提起民事诉讼。