根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第23条、《国有土地上房屋征收评估办法》第14条，企业停产停业损失补偿根据企业被征收前的效益、停产停业期限等因素确定，具体先由征收方与企业协商确定，协商不成则可以委托房地产价格评估机构通过评估确定。
如果通过协商方式确定，灵活度较大，停产期限内直接利润损失以及停产造成的违约损失、企业前期贷款在停产期限内形成的财务成本等可能遭受的损失都可以协商补偿。值得注意的是，人员安置遣散费不属于停产停业损失补偿的范围，该项费用只出现在国营企业和集体所有制企业当中，一般中小企业和私营企业都是没有的。
如果通过评估方式确定停产停业损失补偿，具体计算公式为：停产停业损失补偿费=（用于生产经营的非住宅房屋的月租金+月净利润*修正系数+员工月生活补助）*停产停业补偿期限。其中：
1、月租金参照市场价；
2、月净利润按征收决定发布前12个月的损益表确定，无损益表的，按前12个月实际缴纳的企业所得税推算；
3、修正系数根据使用被征收房屋生产经营运行状况和市场预期进行修正，调整幅度不得超过20%；
4、员工生活补助是支付给员工的基本生活保障，按征收决定发布前上个月的北京市最低工资标准计算，员工数量以生产经营者在征收决定发布前12个月缴纳社会保险的月平均人数计算；
5、停产停业补偿期限由房地产价格评估机构评估确定。对从事生产制造的经营性房屋，厂房建筑面积超过1000平方米的，标准停产停业期限是7个月。征收房屋容积率≤0。5时，补偿期限可酌情上浮，但最大上浮幅度不超过20%。通常，停产停业期限最长不超过12个月。