存在工程分包的情况下，总承包单位应以全部承包额减去付给分包方价款后的余额计算缴纳营业税，分包人应该就其完成的分包额承担相应的纳税义务。根据《营业税暂行条例》的规定，建筑业的总承包人将工程分包或者转包给他人，以工程的全部承包额减去付给分包人或者转包人的价款后的余额为营业额。