2017有一家环保公司找到我公司（养猪的）要在我们那里做生物环保示范工程，处理的水要达到能循环利用，弄好后再推广到全省。工程总价92.4646万元，（不含土建5.3745万元，及公司正常利润15%），约定县政府未明确补贴和未验收合格前甲方同意支付20万。工程完工后，由主管部门验收合格，我方支付10万，剩下的设备由设备运行无患后支付，剩下的工程款由县府补贴他方得60%，我方得40%。后又补充协议，土建由我方修。但，土建预算超过了原预算的5万多，又加补充条款，土建和利润要纳入工程总价92万多内，重新规定了付款计划，但签字的时候付款又规定按原协议执行。这份补充协议没有时间，原协议和第一份补充协议都是2017年2月6号签的，后水质一直没有达标，无法循环利用，后他添加了酒精和石飞等化学试剂，用来冲圈，猪老生病，就不能用。而且它添加的酒精很多成本很高，我公司用这套设备就只有倒闭，他一直没有弄好到18年过年，他的工人就不在来了，之后找他，他就回避了。我方在7月给他发了不合格的通知，要求他整改，11月15日还不达标（他自己送检的）。他说没有钱了，要去要补贴才有钱继续做，他叫我方向环保部门申请验收的涵（11月13号出具的）。但这个时候验收并不合格。现他来要总工程款，和15%的违约金。但我公司在他说要支付基建款时已付五万，后他没有付，土建方找到我公司支付，我公司为了生产没有办法支付了17万，吊车（吊他的设备）及挖机等16000元，还有32000元的钢铁钱，我公司早就支超了。请问我公司还要支付他钱吗？（工程期限50天）