乡镇经管站站长因未完成上级分配的农业保险任务而自行垫交保费，随后在理赔过程中将垫交的保费拿回，如果这一行为是按照上级的指示进行的，那么首先需要确定上级的指示是否具有合法性。如果上级的指示违反了法律规定，那么站长的行为可能构成职务上的不当行为。 贪污是指利用职务上的便利，侵吞公共财物或者非法占有公共财物的行为。如果站长的行为符合贪污的定义，即使得到了上级的指示，也不能作为免责的理由，因为法律要求个人在执行职务时必须遵守法律规定，不能以执行上级命令为由进行违法活动。 站长现在被刑拘，说明司法机关已经介入调查。在这种情况下，站长应当积极配合调查，如实说明情况，并寻求专业法律帮助。如果站长的行为确实违反了法律，他可能需要承担相应的法律责任。如果站长的行为是合法的或者有其他合理解释，他应当通过法律途径进行辩护，以保护自己的合法权益。