您好！根据您提供的信息，邻居在建造房屋时违反了双方签订的协议中的第二条。如果该规定与法律规定或当地建筑规范相冲突，则可能需要遵守这些法规以确保安全和合法。建议您与邻居沟通，了解他们是否理解并同意遵守相关法律法规，并尝试通过协商解决争端。如果您认为对方的行为违反了协议，可以考虑向法院提起诉讼，要求对方按照协议进行整改。请记住，在处理此类纠纷时要保持冷静，避免采取可能导致进一步冲突的行动。