您的问题中涉及到了劳动合同法的相关规定。根据《中华人民共和国劳动民法典》第三十五条规定。“用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。”您在离职前已经和公司就年假的问题进行了沟通，并且双方同意按照公司提供的政策执行。 然而，在此情况下，由于您没有提交在职期间的参保记录，导致公司无法确认是否履行了相应的社会保险义务，因此要求您承担一定的责任（如支付五天的工资）是有合理依据的。这并不意味着公司认为您应该得到更多的假期。 关于是否应该扣除您的年终奖金或工资作为赔偿，这个问题需要根据具体的法律规定和合同条款来判断。如果您认为自己没有违反任何规定或者协议，那么公司要求您支付相关费用可能是基于其对您工作的期望和预期。 请注意，上述信息仅供参考，具体情况可能因地区差异、法律法规变动等因素而有所不同。建议您详细了解当地相关的劳动法规和司法实践，以便做出最合适的决策。同时，您可以寻求专业的法律顾问帮助，以确保自己的权益得到保护。