《中华人民共和国劳动民法典》第三十九条规定。“劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。”根据上述规定，如果公司在签订保密协议时要求员工承担保密义务，并且保密金已经包含了员工的工资，那么该保密协议可能会被认定为无效或部分无效。 因此，在处理此类合同纠纷时，建议寻求专业的法律意见，以确保您的权益得到保护。同时，您也可以考虑与公司进行协商，看看是否能够修改协议条款，或者提出补偿请求，以维护自己的合法权益。