您提到的情况涉及到超市和员工之间的合同关系以及食品安全管理的问题。根据我国相关法律法规，食品生产经营者应当确保其生产、销售的食品符合国家卫生标准和要求。 如果超市发现您的店铺存在违反食品安全规定的行为，例如使用过期或不符合食品安全标准的原料制作食品等，那么超市有权对您进行相应的处理，包括但不限于罚款或其他行政处罚措施。然而，在这种情况下，超市是否有权将您的所有商品全部没收，并且要求您支付高达数万元的罚款？这在法律上并不一定成立。 首先，是否构成违法需要看具体违法行为的具体性质和情节。其次，处罚金额也需要根据具体的法律规定来确定。因此，建议您及时与超市沟通，了解对方的指控并寻求专业的法律意见，以维护自己的合法权益。同时，遵守食品安全法规也是保障消费者权益的重要途径之一。