首先需要明确的是，根据《中华人民共和国道路交通安全法》等相关法律法规的规定，机动车驾驶人应当按照规定使用车辆号牌，并且必须持有有效的驾驶证。同时，《中华人民共和国安全生产法》也明确规定了生产经营单位不得将本单位的生产经营项目、场所、设备发包或者出租给不具备安全生产条件或者相应资质的单位或者个人。 在您的案件中，如果运输小货车存在未取得合法经营资格的情况，则可能违反上述法律规定。因此，工商局有权对这种情况进行调查并采取相应的措施，包括吊销营业执照和罚款等。至于您提到的两万元罚款，这主要取决于违法行为的具体性质和严重程度，以及当地的行政处罚标准。如果您认为罚款不合理，可以考虑向相关行政机关申请行政复议或提起诉讼来维护自己的合法权益。