根据《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第二条的规定，当事人签订的商品房预售合同约定的面积与房屋登记机关核发的商品房预告登记证明记载的面积或者房屋权属证书载明的面积有差异的，以预告登记证明记载的面积为标准。 因此，在办理了房屋预告登记后，如果购房者支付的首付款低于约定的40%，则视为购房人未按期支付足额首付款，该交易合同可能无效。当然，具体情况还需要结合实际情况和相关法律法规来判断是否有效。建议在实际操作中谨慎处理，并寻求专业的法律意见。