你好，根据法律规定，如果房屋是通过合法方式取得的，那么即使存在违章建筑，也应当属于合法财产，可以依法进行交易过户。不过，在实际操作中，具体是否能够成功过户还需要考虑多种因素，如房屋所在地的具体政策规定、是否存在其他权利人等。因此，建议你详细咨询当地的房地产交易中心或相关部门，以获得最准确的信息和帮助。同时，如果你已经与对方签订了合同并支付了费用，最好保留好相关的证据，以便在必要时作为支持材料使用。