在离婚案件中，如果双方已经分居两年，根据《中华人民共和国民法典》的规定，分居满两年可以作为离婚的一个理由。即使男方不同意离婚，女方也可以向法院提起离婚诉讼。法院会根据双方的实际情况，包括感情是否确已破裂、双方是否有和好的可能等因素进行判断。 关于孩子的问题，法院在判决离婚时，会根据最有利于孩子成长的原则来决定孩子的抚养权归属。这通常包括考虑孩子的年龄、双方父母的经济状况、生活环境、抚养能力以及孩子本人的意愿等因素。如果孩子已经达到一定年龄，法院还会征询孩子的意见。 如果双方对孩子的抚养权有争议，建议双方尽量通过协商解决，以减少对孩子的影响。如果协商不成，可以请求法院依法判决。同时，无论抚养权归谁，未获得抚养权的一方仍有权利探望孩子，并承担相应的抚养费用。