根据《中华人民共和国民法典》的规定，房屋所有权的取得必须通过合法的交易或赠与行为。在您的情况下，如果双方没有签订书面合同明确约定财产归属和权利义务，则该房产应视为共同共有，即夫妻双方对房屋享有平等的所有权。因此，在未明确约定的情况下，房产证上只写申请限价房一方的名字是合理的。至于是否可以公证出资协议，这需要依据具体情况来判断，通常公证是一种证明文件真实性的手段，并不直接涉及财产分割。如果您有具体的法律疑问，建议您咨询专业的律师进行详细分析和解答。