不会有案底。如果案件被撤销，就没有案底，如果没有发现新的证据证明该案件应当追究刑事责任，检察院是不会再起诉的。在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件;犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。