您的儿子的出生医学证明在1998年9月29日时的有效性取决于当时的法律规定。根据中国的《母婴保健法》和《中华人民共和国户口登记条例》，如果您的儿子是在1997年9月30日至1998年9月28日期间出生的，那么他的出生医学证明是有效的。 然而，如果您想要确认该出生医学证明的具体有效性，建议您联系当地的卫生部门或医院档案室进行查询，以获取更准确的信息。 至于您提到的新证编号的问题，这可能是由于更换证件所导致的编号更改。通常情况下，这种变更可能与证件类型（如出生证明）有关。例如，当出生日期发生变化时，可能会需要重新申请新的出生证明，并且新旧证之间的号码会有所不同。 请注意，具体的处理方式可能因地区而异，因此最好直接咨询当地的户籍管理部门或者相关部门了解最新的规定和流程。