首先，盗窃罪是指故意非法占有公私财物的行为。如果被告人在运输过程中多装了纸箱并卖出，但并未实际取得任何价值或利益，则可能不构成盗窃罪。 其次，根据法律规定，刑事拘留通常意味着犯罪嫌疑人已被认定有罪，需要等待法院判决。然而，在此情况下，由于案件尚未正式进入审判阶段，因此无法确定最终的刑事责任及赔偿责任。 再次，关于赔偿的问题，需要具体情况具体分析。如果纸箱的价值超过了二万元，那么工厂可能会要求赔偿损失。但是，具体的赔偿数额还需要依据法院的判决来确定。 最后，建议您寻求专业的法律顾问的帮助，以获得更准确和详细的法律意见。