您好！根据《中华人民共和国道路交通安全法》的规定，道路通行费应当按照国家规定的标准合理确定，并通过政府定价或者政府指导价方式向车辆收费。因此，如果乡政府综合管理上路的货车收取费用的行为是合理的，且遵循了相关的法律法规，则该行为是合法的。 然而，在具体操作过程中，为了确保公平和透明，乡政府可能需要与相关公路管理部门进行协商，制定一个明确的收费标准，并公布在公共区域供公众查询。同时，乡政府也应遵守相关规定，不得强制要求车主支付超出其实际行驶距离或时间的费用。 总之，乡政府是否可以自主决定上路货车的通行费收取事宜，取决于当地的具体规定和相关政策。如果您有更详细的问题，建议您咨询当地的交通管理部门或相关部门以获取准确信息。